Embriyoların rahim içerisine yerleştirilmesi işlemi embriyo transferidir. Embriyo transferi tüp bebek tedavisinin son basamağıdır. Embriyolar rahime sıklıkla yumurta toplanması işleminden 48-72 saat sonra 2-8 hücreli durumda iken yerleştirilir. Ama işlem 2.-6. günler arasında da yapılabilir. Transfer işlemi esnasında laboratuarda elde edilen embriyolardan 3 tanesi steril koşullarda karından yapılan ultrasonografi eşliğinde jinekolojik muayene pozisyonunda özel bir kateterle rahim içerisine yerleştirilir. Embriyo transferi yapılacak hastanın idrara sıkışık olması mutlaka gereklidir. ET işlemi ağrılı bir işlem değildir ve anestezi gerektirmez. İşlem sonrasında hasta dinlenme odasına alınır, verilen embriyoların sayısı, kalitesi, kullanacağı ilaçlar konusunda bilgilendirilir. Embriyo transferini takiben normal aktivitelere dönmekle, dinlenmek arasında gebe kalma açısından fark bulunamamıştır. Ancak işlem sonrası 3-4 gün hastaya ağır işler yapmaması önerilir.
Embriyo transferini takiben gebeliği desteklemek için hastaya enjeksiyon (hCG) ya da vajinal yoldan kullanılan hormon ilaçları (progesteron) verilir. Hasta kanda gebelik testi (beta HCG) için 12.günde hastaneye çağrılır. Testi pozitif olanlarda iki gün sonra kan testi tekrarlanır.Gebelik oluştuysa bu ilaçlar 10. haftaya kadar kullanılır. Gebelik oluşmamışsa tedavi kesilir.